STT IMAN menyelenggarakan pendidikan berdasarkan sistem Satuan Kredit Semester (SKS). Sistem Kredit Semester yaitu suatu sistem penyelenggaraan pendidikan di mana beban studi mahasiswa, beban kerja pengajar dan beban penyelenggaraan program lembaga pendidikan dinyatakan dalam kredit.
Kredit adalah satuan yang digunakan untuk menyatakan besarnya beban studi mahasiswa dalam satuan waktu tertentu (Semester) dan besarnya pengakuan atas keberhasilan mahasiswa.
Semester adalah satuan waktu terkecil untuk menyatakan lamanya suatu program pendidikan dalam suatu jenjang pendidikan. Satu semester sama dengan 16 minggu perkuliahan yang disertai dengan evaluasi.
Satu Satuan Kredit Semester (1 SKS) adalah beban studi yang meliputi tiga komponen yaitu: 50 menit perkuliahan terjadwal; 60 menit kegiatan akademik terstruktur yaitu kegiatan studi yang tidak terjadwal tetapi direncanakan oleh pengajar, misalnya tugas penyusunan paper; dan 60 menit kegiatan studi mandiri, yaitu kegiatan yang harus dilakukan oleh mahasiswa secara mandiri untuk mendalami, mempersiapkan suatu tugas akademik.
Sedangkan untuk kerja lapangan, satu Satuan Kredit Semester (1 SKS) setara dengan: 200 menit kerja lapangan: 60 menit kegiatan akademik terstruktur dan 60 menit kegiatan akademik mandiri.
Bobot tiap satu SKS adalah 50 menit perkuliahan dalam 16 kali pertemuan termasuk ujian. Mahasiswa yang tidak mengikuti kuliah sebanyak 4 kali dianggap gugur untuk mata kuliah yang bersangkutan.
Aspek penilaian yang dilakukan STT IMAN terhadap setiap mahasiswa adalah meliputi: kedewasaan spiritualitas, kematangan kepribadian, kemampuan kognitif serta kemampuan pelayanan.
Kedewasaan Spiritualitas diukur berdasarkan praktek kehidupan keagamaan baik secara intrinsik maupun ekstrinsik. Religiusitas yang nyata melalui kegiatan disiplin rohani dan ritualitas rohani.
Kematangan kepribadian diukur berdasarkan kematangan kepribadian, moralitas yang tinggi, karakter yang diubahkan serta kehidupan sosial yang menonjol.
Kemampuan kognitif diukur berdasarkan kemampuan akademis yang diperlihatkan melalui tes tertulis dan karya tulis. Indek Prestasi (IP) minimal setiap semester bagi mahasiswa S1 adalah 2,50.
Mahasiswa yang memiliki IP 1,30 sebanyak 3 semester, maka mahasiswa yang bersangkutan diarahkan untuk mengikuti program diploma dengan tuntutan 120 SKS. Mahasiswa yang memiliki IP dibawah 1,3 sebanyak 2 (dua) semester berturut-turut, maka mahasiswa tersebut akan dikeluarkan dari STT IMAN.
Sementara mahasiswa program S2 harus memiliki IP minimal 2,75. Dan jika mahasiswa yang bersangkutan memperoleh IP dibawah standard minimal sebanyak 2 semester berturut-turut, maka yang bersangkutan diharuskan untuk mengundurkan diri dari STT IMAN.
Kemampuan pelayanan diukur berdasarkan keterampilan untuk melaksanakan tugas-tugas pelayanan gerejawi yang meliputi: penginjilan, penggembalaan, pengajaran, pelatihan dan pembimbingan.ahun mahasiswa yang masih aktif dalam masa perkuliahan akan menerima pemberitahuan secara tertulis dari kampus apakah mahasiswa yang bersangkutan diundang lagi atau tidak untuk mengikuti perkuliahan di STT IMAN.